تتولى الهيئة - بالإضافة إلى المهمات المنصوص عليها في التنظيم - ما يلي :
1 ) إعداد وطرح الامتيازات والمنافسات المتعلقة بتنفيذ وصيانة الخطوط الحديدية، ومرافقها، وخدماتها، واستكمال جميع الإجراءات اللازمة لذلك.
2 ) الإشراف على تنفيذ الخطوط الحديدية ، ومرافقها ، والعمل على تطويرها.
3 ) تحديد أنواع خدمات الخطوط الحديدية وتصنيفها، وشروط التراخيص الخاصة بكل منها، وإصدارها.
4 ) ضمان تقديم خدمات الخطوط الحديدية للمستفيدين بأسعار معقولة ، مع مراعاة ما ورد في عقود الامتياز.
5 ) مراقبة تنفيذ المرخص لهم وأصحاب الامتياز لأحكام النظام ولائحته، والمهمات المنوطة بهم بما في ذلك متطلبات الأمن والسلامة .
6 ) إلزام أصحاب الامتياز بمتطلبات عقود الامتياز المتعلقة بالخطوط الحديدية واشتراطاتها .

- أُضيف مادة يكون ترتيبها (الثامنة عشرة مكرر)، وذلك بموجب المرسوم الملكي رقم (م/35) وتاريخ 1442/4/11هـ. وتكون بالنص الآتي: 
"فيما عدا الأعمال المتعلقة بالإنشاءات وتقديم الخدمات المرخصة على الخطوط الحديدية، يحظر القيام بأي من الأفعال الآتية:

1. استخدام الخط الحديدي أو جزء منه لغير الغرض المخصص له.
2. وقوف الأشخاص أو المركبات أو الآلات أو الحيوانات داخل حرم الخط الحديدي.
3. عبور الخط الحديدي أو جسوره أو ترك الحيوانات تعبر عليها أو تجتازها، من غير الأماكن المخصصة لذلك.
4. اجتياز السياج الحامي للخط الحديدي أو قطعه.
5. قطع الكيابل والتعديات الخاصة بالخط الحديدي أو إتلافها أو استخدامها والانتفاع بها، سواءً التي على سطح الأرض أو باطنها.
6. وضع اليد على حرم الخط الحديدي أو جزء منه بقصد التملك أو الانتفاع أو الاستعمال بأي وجه من وجوه الاستعمال.
7. منع موظفي ضبط المخالفات من أداء مهماتهم، أو إعاقتهم.
8. قص الخط الحديدي أو تفكيكه أو اقتطاعه أو سرقته أو سرقة أي من مرافقه أو تجهيزاته أو جزء منها، أو تعمد إتلاف أي من ذلك".

- إضافة مادة يكون ترتيبها ( التاسعة والعشرين مكرر )، وذلك بموجب المرسوم الملكي رقم (م/35) وتاريخ 1442/4/11هـ. لتكون بالنص الآتي

" 1- دون إخلال بأي عقوبة أشد منصوص عليها في نظام آخر، واستثناء من حكم المادة (التاسعة والعشرين) من النظام، يعاقب بغرامة لاتزيد على (200,000) مائتي ألف ريال، كل من ارتكب أياً من المخالفات المنصوص عليها في الفقرات (1،2،3،4،5،6،7) من المادة (الثامنة عشرة مكرر) من النظام.
2- دون إخلال بأي عقوبة أشد منصوص عليها في نظام آخر، واستثناء من حكم المادة (التاسعة والعشرين) من النظام، يعاقب بالسجن مدة لاتزيد على (سنتين)، وبغرامة لاتزيد على (500,000) خمسمائة ألف ريال، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل من ارتكب أياً من المخالفات المنصوص عليها في الفقرة (8) من المادة (الثامنة عشرة مكرر) من النظام.
3- تضع اللائحة تصنيفاً للمخالفات المشار إليها في الفقرة (1) من هذه المادة، والغرامة المستحقة لكل منها، بحسب جسامتها.
4- تضاعف الغرامة المحكوم بها أو المقررة في حال تكرار المخالفة.
5- تتولى النيابة العامة التحقيق والادعاء في المخالفات المشار إليها في الفقرة (2) من هذه المادة.
6- على مرتكب أيّ من المخالفات المشار إليها في هذه المادة دفع جميع المصاريف والنفقات اللازمة لإزالة الضرر الناشئ عن فعله، وإعادة الوضع إلى ما كان عليه، والتعويض عن الخسائر التي تنشأ من ذلك.
7- يجوز تضمين الحكم أو القرار الصادر بالعقوبة - بناءً على هذه المادة - النص على نشر منطوقه على نفقة المخالف في صحيفة محلية تصدر في مقر إقامته، فإن لم تكن في مقره صحيفة ففي أقرب منطقة له، أو نشره في أي وسيلة أخرى مناسبة، وذلك بحسب نوع المخالفة المرتكبة وجسامتها وتأثيرها، على أن يكون النشر بعد اكتساب الحكم الصفة القطعية، أو تحصن القرار بمضي المدة المحددة نظاماً أو تأييده من المحكمة المختصة."