1. يدير الجمعية مجلس إدارة يتكون من :
   أ - وزير التجارة والصناعة رئيسًا،. وله أن ينيب أحد أعضاء المجلس في ذلك.
   ب - وكيل وزارة التجارة والصناعة عضوًا.
   ج - وكيل وزارة المالية للشؤون المالية والحسابات أو من يعينه وزير المالية على ألا تقل مرتبته عن المرتبة الرابعة عشرة عضوًا.
   د - نائب رئيس ديوان المراقبة العامة أو من يعينه رئيس الديوان على ألا تقل مرتبته عن المرتبة الرابعة عشرة عضوًا.
   هـ - عضوين سعوديين من أعضاء هيئة التدريس في أقسام المحاسبة بجامعات المملكة ، يعينهما وزير التجارة والصناعة بناءً على ترشيح وزير التعليم العالي.
   و - ممثل لهيئة السوق المالية يعينه رئيس الهيئة عضوًا.
   ز - ستة أعضاء تنتخبهم الجمعية العمومية من بين أعضائها السعوديين لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، واستثناء من ذلك يكون فريق العمل المنصوص عليه في المادتين (السادسة) و(السابعة) من برنامج التعاون الفني الموقع بين الهيئة السعودية للمحاسبين القانونيين ومعهد المراجعين الداخليين الأمريكي ممثلًا للجمعية العمومية إلى حين انتخاب ممثلي الجمعية العمومية في المجلس.
2. يعاد تشكيل مجلس الإدارة كل ثلاث سنوات.
3. يعقد مجلس الإدارة جلسة على الأقل كل ثلاثة أشهر، ويعقد كذلك بناءً على طلب رئيس المجلس، أو أربعة من أعضائه.
4. تعقد الجلسات بحضور ثلثي الأعضاء، على أن يكون من بينهم الرئيس - أو من ينيبه - ويحضر المدير التنفيذي جلسات مجلس الإدارة دون أن يكون له صوت في إصدار القرارات.
5. تصدر قرارات المجلس بأغلبية أصوات الحاضرين، فإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي صوت معه رئيس الجلسة.
6. يمثل رئيس مجلس الإدارة - أو من ينيبه - الجمعية أمام الجهات الأخرى.

يتولى مجلس الإدارة الإشراف على أعمال الجمعية بما يحقق الأهداف التي أنشئت من أجلها والمحددة في هذا التنظيم، وفي حدود ما تنص عليه الأنظمة واللوائح المرعية في المملكة، وله على الأخص ما يأتي :

1. دراسة المقترحات الخاصة بتطوير المراجعة الداخلية بما في ذلك الأنظمة والمعايير والإجراءات ذات الصلة، وتقديم توصياته ومقترحاته في شأنها للجهات المختصة.
2. إعداد التقرير السنوي عن نشاط الجمعية، واقتراح خطة عمل لها .
3. الإشراف على تنفيذ ومتابعة قرارات الجمعية العمومية والتعليمات الواردة من جهات الاختصاص .
4. الموافقة على عقد الندوات والمؤتمرات التي تنظمها الجمعية فيما يتعلق بالمراجعة الداخلية والموضوعات المرتبطة بها .
5. اقتراح النظام الداخلي، ورفعه إلى الجمعية العمومية.
6. دعوة الجمعية العمومية للانعقاد، وإعداد جدول أعمالها .
7. قبول الهبات والتبرعات والوصايا والأوقاف المخصصة للجمعية .
8. إقرار سياسة استثمار أموال الجمعية، والإشراف على إدارة ممتلكاتها وأموالها، وتحديد البنوك التي تودع فيها أموالها.
9. تحديد اشتراك العضوية في الجمعية .
10. الإشراف على استيفاء ما للجمعية من حقوق وتأدية ما عليها من التزامات .
11. إعداد اللوائح الإدارية والمالية للجمعية وغيرها من اللوائح الداخلية .
12. إعداد الميزانية السنوية للجمعية .
13. تشكيل اللجان المتخصصة الدائمة والمؤقتة لمساعدة الجمعية على تحقيق أهدافها، وتعيين أعضائها من بين أعضاء مجلس الإدارة أو من غيرهم، واعتماد إجراءات عملها، وتحديد واجبات أعضائها ومكافآتهم .
14. تعيين مدير تنفيذي للجمعية وتحديد مسؤولياته وحقوقه، ولمجلس الإدارة تفويض بعض اختصاصاته لرئيس المجلس أو من ينيبه .